Con i metodi di cifratura analizzati precedentemente sono state prese in considerazione del tecniche in cui si verifica la sostituzione tra simboli di testo in chiaro e simboli del testo cifrato. Un modo diverso di cifrare è quello di permutare le lettere del testo in chiaro. Uno schema complesso è quello di scrivere il messaggio come un rettangolo. Per esempio:
|Key:|4|3|1|2|5|6|7|
|--|--|-|-|-|-|-|-|
|Plaintext:|a|t|t|a|c|k|p|
||o|s|t|p|o|n|e|
||d|u|n|t|i|l|t|
||w|o|a|m|x|y|z|

Ciphertext: TTNAAPTMTSUOAODWCOIXKNLYPETZ

In questo esempio la chiave è 4312567. Per crittare, si parte dalla colonna che corrisponde con il numero 1: TTNA. Poi quella che corrisponde con il 2: APTM. Poi quella con il 3: TSUO, e così via.

Una sola permutazione lascia spazio ad un'analisi statistica. Più permutazioni invece consentono di mascherare in buona parte questa vulnerabilità.